Au cœur du Projet Niantic, des scientifiques ont découvert une substance pouvant interagir avec le cerveau humain. Cette substance nommée "Exotic Matter" (Matière XM), existe depuis l'antiquité, influant l'esprit humain et les progrès de l'humanité. Cette découverte a provoqué une bataille dans laquelle de puissantes nations et organisations s'opposent dans le but d'exploiter cette substance. Cela représente à la fois une opportunité et une menace pour l'humanité. Dans ce tumulte, deux grandes factions sont représentées et cherchent à contrôler la Matière XM et par la même occasion, le destin de l'humanité : les Éclairés qui voient en le pouvoir de la Matière XM un cadeau qui améliore l'expérience humaine et la découverte, et la Résistance qui la considère comme quelque chose d'hostile qui contrôle l'esprit humain et se tournant donc vers la technologie comme moyen d'avancer.

Quelque part dans l'univers, il existe un endroit appelé Märchenland, où les personnages de contes de fées vivent. Près de l'angle de la Märchenland existe un monde appelé Royaume Fin Bad, où les antagonistes de tous les contes de fées se réunis. Afin de montrer à tous la "Fin" du pire, les gens du Royaume de Fin Bad se rendent à la planète Terre pour recueillir l'énergie Bad. Afin d'éviter que cela se produise, les 5 guerriers légendaires, Pretty Cure, ont besoins de collecter Cure Décor qui est la puissance du bonheur de la reine de Märchenland. Le Cure Décor a été volé puis caché. Ayant pour mission de trouver des Pretty Cure, Candy (la fée) suit les 5 rayons de lumières de la Terre, où elle rencontre Miyuki, une étudiante qui a été transféré dans une autre école et qui est en retard dès son premier jours...